Výhody použití gelu

Gelová elektroforéza je proces jednotlivých kmenů DNA tlačením přes gelu umístěného ve vytápěném (a které se vztahuje) tabulky. Propustnosti gelu způsobuje větší fragmenty oddělit první a zároveň menší fragmenty pokračovat až do gelu. Vzhledem k tomu, první experimentální použití v roce 1930, je gelová elektroforéza byla zdokonalena pomocí různých typů gelu. Počínaje sacharózy a pak škrobu gely, DNA oddělení v elektroforéze značně vzrostl s moderním použití agarózy a acrylaminde gely. S rozvojem kapilární elektroforézy, určité výhody a nevýhody jsou zřejmé pro obě metody. Agarózovém gelu

agarózovém gelu snadno nalije k použití a vzorky mohou být snadno obnovit. Gel je také vysoce upravitelný zvýšit vzdálenost mezi velkými a malými molekulami DNA. Vzhledem k tomu, že je vyroben z cukru přítomného v mořských řas, agarózy je levnější než alternativy a bezpečnější gel přípravek pro použití v elektroforézu.
Akrylamid Gel

jako agarózy, akrylamid je snadno modifikovat. S vyšší nosností, je možné spustit více vzorků současně. To je hlavní výhoda oproti agarózy je, že akrylamid má menší póry, což je vhodnější pro separaci menších molekul DNA, které agarózovém gelu nebude moci oddělit. Nicméně, bublající je větší problém pro akrylamidu, a protože akrylamid je neurotoxin, to může být velmi nebezpečné pracovat.
Kapilární elektroforéza

Vzhledem k tomu, teplo odvádí rychle v polymeru, kapilární elektroforéza trvá kratší dobu než gely, minut ve srovnání s hodin. Stejně tak, protože výsledky jsou sledovány elektronicky celý proces může být automatizován. Nicméně, kapilární elektroforéza neběží tolik vzorků současně jako gely a stroje (cena na více než 100.000 dolarů za jednotku) a činidla náklady podstatně více, než gelové metodě separace, takže většina laboratoře nemají přístup k technologie.